Bioinformática e Ciência de Dados
O Recurso Compartilhado de Bioinformática e Ciência de Dados (BDS) da UNMCCC oferece suporte à pesquisa básica, translacional e clínica sobre câncer, fornecendo um conjunto abrangente de serviços computacionais e analíticos.
Esses serviços incluem
- projeto e desenvolvimento de pesquisa,
- análise de dados de sequenciamento de próxima geração (NGS),
- transcriptômica espacial e unicelular,
- quimioinformática,
- informática do câncer e
- metodologias avançadas de estatística e ciência de dados.
Os membros do BDS trabalham em estreita colaboração com os Recursos Compartilhados de Genômica Analítica e Translacional e de Bioestatística para aprimorar a aquisição de conhecimento a partir de NGS e outros dados genômicos e transcriptômicos.
O recurso compartilhado do BDS
- fornece infraestrutura crítica para armazenamento de dados, computação de alto desempenho e soluções baseadas em nuvem - incluindo integração com AWS por meio do programa NIH STRIDES - e
- gerencia o CRIIS, uma plataforma exclusiva de informática sobre câncer que integra dados clínicos, genômicos, de registro de tumores e sociodemográficos, desenvolvida em colaboração com uma empresa local de análise de dados com o apoio da UNMCCC e do Estado do Novo México.
Recurso compartilhado de bioinformática
Kathryn (Charlie) Brayer, PhD
Bioinformático, Análise de Dados
Olufunmilola (Funmi) Oyebamiji, MS
Bioinformático, Análise de Dados
Inigo San Gil, PhD
Especialista em Serviços de TI
Xiangjun Xiao, MS
Cientista de Dados Sênior
Centro de Pesquisa do Câncer (CRF): Térreo, Sala 100A
Para reconhecer o uso deste recurso compartilhado, inclua o seguinte em suas publicações:
Esta pesquisa foi parcialmente financiada pelo UNM Comprehensive Cancer Center Support Grant NCI P30CA118100 e o recurso compartilhado Bioinformatics and High Dimensional Data Analysis.
Objetivos Específicos de Bioinformática e Ciência de Dados
Objetivo 1: Fornecer suporte em informática, análise e gestão do conhecimento por meio de serviços, tecnologias, equipamentos e conhecimentos econômicos para dar suporte aos três Programas de Pesquisa da UNMCCC.
A prioridade do BDS é fornecer aos membros da UNMCCC acesso a expertise em análise de dados complexos e de alta dimensão, além de oferecer suporte ao software, às necessidades computacionais e ao conhecimento integrativo necessários para atingir os objetivos de pesquisa dos três Programas de Pesquisa da UNMCCC. Com os avanços na genômica, em particular na genômica espacial, o BDS prevê uma necessidade crescente de análise de dados ômicos complexos.
Utilizando um modelo colaborativo, em coordenação com o ATG e os Recursos Compartilhados de Bioestatística, o BDS oferece aos pesquisadores um meio econômico para projetar estudos e, em seguida, analisar dados complexos e especializados, proporcionando-lhes acesso a informações sobre métodos e recursos especializados de análise de dados. Além disso, o BDS gerenciará o acesso e treinará os membros da UNMCCC no uso do CRIIS, prestando consultoria sobre análise e interpretação de dados.
Objetivo 2: Desenvolver ferramentas e pipelines de bioinformática personalizados, adaptados às necessidades de pesquisa da UNMCCC.
O BDS continuará desenvolvendo ferramentas estreitamente alinhadas às necessidades dos membros do Cancer Center, em particular na área de biologia espacial. Além disso, o BDS desempenhará um papel fundamental no aprimoramento da utilidade do CRIIS, desenvolvendo uma plataforma segura de análise, armazenamento e distribuição de dados para informações identificáveis de saúde de pacientes e dados genômicos gerados pela UNMCCC.
Objetivo 3: Fornecer educação e promover a conscientização sobre tecnologias e serviços de bioinformática.
Os Diretores do BDS contribuem para um boletim trimestral que destaca e explica os serviços e tecnologias do BDS e auxilia os usuários na preparação de propostas de financiamento competitivas que envolvam análise de dados complexos ou de alta dimensão. Os Diretores participam de reuniões do Programa de Pesquisa e de outras reuniões da UNMCCC para fornecer conhecimento especializado, consultoria e informações sobre as tecnologias e serviços disponíveis no BDS, bem como atualizações sobre novas abordagens e metodologias de bioinformática. O Diretor Edwards está fortemente envolvido no programa de pós-graduação em Bioinformática oferecido pela Escola de Engenharia da UNM e também leciona bioinformática em um curso básico para alunos de pós-graduação.
Faculdade e funcionário
Jeremy Edwards, PhD
Codiretor do Recurso Compartilhado de Bioinformática e Ciência de Dados
Professor de Química e Biologia Química
Professor de Engenharia Química e Biológica
Professor de Genética Molecular e Microbiologia
Educação e Formação
Treinamento de pós-doutorado em genética, Harvard Medical School
PhD em Bioengenharia, University of California San Diego
MS Bioengenharia, Universidade da Califórnia em San Diego
Bacharel em Engenharia Mecânica, University of Texas Arlington
Interesses de Investigação
Bioinformática, tecnologias de genoma, tecnologia de sequenciamento de última geração, biologia de sistemas, regulação espacial de vias de sinalização.
Christopher Amos, PhD
Chefe, Iniciativas de Ciência de Dados do HSC
Diretor Associado da UNMCCC para População e Ciência de Dados
Codiretor do Recurso Compartilhado de Bioinformática e Ciência de Dados
Professor, Departamento de Medicina Interna da UNM, Divisão de Epidemiologia, Bioestatística e Medicina Preventiva
Educação e Formação
Certificação do conselho, Genética Médica
Treinamento de pós-doutorado, programa de treinamento interinstitucional em genética médica nos Institutos Nacionais de Saúde
Doutorado em Biometria e Genética, Centro Médico da Universidade Estadual da Louisiana
MS, Biometria e Genética, Centro Médico da Universidade Estadual da Louisiana
Bacharel em Ciências, Reed College.
Interesses de Investigação
O Dr. Amos concentrou grande parte de sua carreira no desenvolvimento e implementação de métodos para entender as influências genéticas e ambientais subjacentes à etiologia dos cânceres comuns.