Genômica analítica e translacional

O ATG está acessível a todos os pesquisadores da Universidade do Novo México (UNM) e suas instituições relacionadas. No entanto, é essencial que você forneça uma citação para o P30CA118100 e também mencione o ATG, juntamente com outros recursos compartilhados da UNMCCC que foram usados ​​para produzir os dados.

Para dar crédito às nossas contribuições, solicitamos gentilmente que você inclua o seguinte texto na seção de agradecimentos de seus manuscritos:

Este estudo recebeu financiamento parcial da UNM Comprehensive Cancer Center Support Grant, NCI P30CA118100, e utilizou o recurso compartilhado de genômica analítica e translacional.

Principais serviços, tecnologias e equipamentos

Sequenciamento de DNA e RNA de alto rendimento. A ATG oferece sequenciamento de genoma completo, RNA-seq em massa, ChIP-seq, RIP-seq, exoma e análise de pequenos RNAs usando o sequenciador G4 da Singular Genomics. O material inicial pode incluir células, saliva, sangue e amostras patológicas fixadas em formalina e incluídas em parafina (FFPE) ou congeladas a fresco.

Sequenciamento de célula única da 10x Genomics. Utilizando o controlador Chromium da 10x Genomics, juntamente com um contador de células automatizado Countess II e um dissociador Miltenyi gentleMACS Octo para criar suspensões de células únicas, a equipe da ATG prepara as amostras e constrói as bibliotecas NGS para sequenciamento de DNA e RNA.

A 10x Genomics oferece análises espaciais de transcriptoma completo e expressão gênica direcionada, utilizando as tecnologias Visium-HD e Xenium in situ. Em parceria com o Human Tissue Repository & Tissue Analysis (HTR-TA), o ATG disponibiliza análises espaciais de transcriptoma completo de tecidos frescos congelados e fixados em formalina e incluídos em parafina (FFPE), com as tecnologias Visium-HD e Xenium in situ. A tecnologia Visium HD de expressão gênica espacial delimita o transcriptoma completo de seções de tecido inteiras, fornecendo contexto morfológico e alta resolução celular. Já a tecnologia Xenium in situ permite o mapeamento subcelular de alto rendimento de até 5,000 genes, juntamente com proteínas multiplexadas, dentro do mesmo segmento de tecido. As amostras são preparadas em colaboração com o HTR-TA.

A equipe de Análise Técnica (ATG) coordena com os Recursos Compartilhados de Bioestatística e Bioinformática e Ciência de Dados (BDS) o estabelecimento de análises de controle de qualidade e o desenvolvimento de fluxos de trabalho para análise de dados do G4-Singular, incluindo a detecção de variantes de nucleotídeo único (SNVs) em amostras de DNA, análise de expressão gênica, análise de variantes em RNA, dados de scRNA-seq, detecção de transcritos de fusão em RNA-seq e análise de variantes do número de cópias (CNVs). Os arquivos processados ​​são armazenados em nossa conta segura na nuvem AWS e utilizados para análises subsequentes pela equipe da ATG ou pela BDS, utilizando scripts R personalizados. O Diretor Técnico da ATG, Brayer, desempenha uma função dupla como bioinformático sênior e como elo de ligação com os Recursos Compartilhados de Bioestatística e BDS para facilitar o planejamento de estudos e a análise de dados.

Armazenamento e processamento de dados. O ATG mantém uma conta AWS segura, em conformidade com a HIPAA e aprovada pelo IRB, onde grandes conjuntos de dados podem ser armazenados e analisados. Todos os dados são anonimizados, criptografados em trânsito e armazenados. Somente usuários autorizados têm acesso, o que requer autenticação de dois fatores. Para a segurança dos dados genômicos, o ATG segue as políticas descritas nas Melhores Práticas de Segurança para Dados de Acesso Controlado do NIH, sujeitas à Política de Compartilhamento de Dados Genômicos do NIH.

Outros serviços. O ATG possui um Bioanalisador Agilent, um fluorômetro Qubit, um dissociador Miltenyi gentleMACs Octo com aquecedores (para gerar suspensões de células únicas a partir de tecido), um contador de células automatizado Countess II e um sistema ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR, que estão disponíveis para uso pelos membros do UNMCCC. Um robô de extração de DNA/RNA Qiagen EZ2 está disponível para extração automatizada de ácidos nucleicos em grande volume.

ATG pode sequenciar os seguintes tipos:

• Detecção de mutações ou variantes genéticas. Isto poderia envolver a avaliação do nível de mutações genéticas num tumor, a análise de variações genéticas específicas num determinado cancro ou doença, ou a avaliação de como as células respondem a danos no ADN após lesão ou tratamento. Normalmente, isso é conseguido usando sequenciamento de painel genético direcionado para analisar genes ligados ao câncer ou a certas doenças.
• Estudos de expressão gênica. Perfil transcricional de células, tecidos, organoides ou amostras de pacientes, como células individuais ou em quantidades maiores.
• Uma variedade de ensaios de análise do estado da cromatina, desde estudos de metilação do DNA até ensaios ATAC e ChIP-seq, estão disponíveis.
• Estudando RNAs não codificantes como ncRNAs, lincRNAs, miRNAs e tRNAs.

Entre em contato com Kel Cook ( kelcook@salud.unm.edu ) ou Kathryn Brayer ( kbrayer@salud.unm.edu ) para agendar uma consulta.

O sequenciador G4 da Singular Genomics

• Sequenciador de emparelhamento flexível e rápido
• Capaz de produzir até 1.6 bilhão de leituras de 2 x 150 pb em 24 horas
• Pode ser configurado para uma variedade de comprimentos de leitura
• Compatível com quase todas as bibliotecas que podem ser sequenciadas em instrumentos Illumina.

Para mais informações: https://www.singulargenomics.com/

O 10x Genomics Chromium iX

• Particiona células ou núcleos para sequenciamento unicelular
• Captura RNA, proteína e/ou cromatina
• Expressão gênica de ensaio, repertório de células imunes, acessibilidade à cromatina, perturbações CRISPR
• As entradas variam de acordo com o ensaio, mas incluem suspensões de células vivas, núcleos, células fixas, tecido congelado e blocos FFPE. Ensaios agnósticos de espécies disponíveis

Para mais informações: https://www.10xgenomics.com/instruments/chromium-x-series

O Analisador Genômico Xenium 10x

• Plataforma de imagem de transcriptômica espacial
• Resolução subcelular
• Capaz de capturar até 5,000 genes
• Vários painéis genéticos pré-projetados que podem ser ainda mais personalizados (https://www.10xgenomics.com/products/xenium-panels)

Para mais informações: https://www.10xgenomics.com/platforms/xenium

O CytAssist de Genômica 10x

• Facilita ensaios de transcriptômica espacial Visium e Visium HD
• Comece com blocos FFPE ou FFPE pré-cortados e seções recém-congeladas
• Compatível com seções coradas por H&E ou imunofluorescência

Para mais informações: https://www.10xgenomics.com/instruments/visium-cytassist

• Bioanalisador Agilent: Analise a qualidade/quantidade de DNA e RNA usando entradas mínimas. (https://www.agilent.com/en/product/automated-electrophoresis/bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument)
• Fluorômetro Qubit II: Quantificação de DNA e RNA.
• ThermoFisher/Invitrogen Condessa II: Contar células e quantificar a proporção de células vivas em uma amostra.

• Miltenyi Biotec suave MACS Octo Dissociator com aquecedores: Dissociar amostras de tecido antes do sequenciamento unicelular.
• Qiagen EZ2: Extração automatizada de DNA e RNA.
• ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR. Sistema de PCR em tempo real com blocos de 96 e 384 poços para permitir flexibilidade e facilidade nas análises de expressão genética.

Instrumentos selecionados estão disponíveis para uso por membros qualificados e treinados da comunidade UNM. Os instrumentos partilhados estão disponíveis durante o horário normal de trabalho e noutros horários mediante acordo especial. Entre em contato com a equipe da ATG Facility para obter mais informações sobre ensaios e preços.